در سال ??? هجری قمری (???? میلادی) غوریان شهر با شکوه غزنی را که زمانی لقب عروس شهرها را داشت به تصرف خود درآوردند. علاالدین غوری معروف به جهانسوز این شهر زیبا را به آتش کشیده اجساد سلاطین غزنوی مگر محمود و پسرش مسعود را از قبرها بیرون کشید و سوزاند. غوریان که همواره خواب رسیدن به سرزمین زرخیز هندوستان را می‌دیدند، بعد از ویران ساختن غزنی در اسرع وقت رهسپار هندوستان شدند. یکی از غلامان ترک غوریان بنام قطب الدین تخت و تاج دهلی را تصاحب کرد و پس از وی غلامان ترک به مدت یک قرن این تخت و تاج را در اختیار داشتند.

مغولان

در قرن هفتم هجری قمری (سیزدهم میلادی) یکی از روئسای قبایل مغول بنام چنگیزخان، قوم خود را تحت نظم و انظباطی شدید بصورت نیروی جنگنده‌ای مقتدر در آورد. مهاجمان مغول سوار بر اسپهای تیزتک و ریزاندام از صحرای مغلستان بطرف جنوب سرازیر شدند و همچون گردباد توفنده کوهها و دشتهای پیش روی خود را درهم پیچیدند.
سرزمین کنونی افغانستان حتی صدسال بعد نیز همچنان اسیر مغولان بود. رهبران محلی عموما ترکانی بودند که از طرف اربابان مغول خود برای اداره امور این سرزمینها گماشته شده بودند. پس از مرگ چنگیز پسرش اوکتای به جای وی نشست، و آنگاه که امپراتوری مغول تجزیه و متلاشی می‌شد، این سرزمین کوهستانی به هلاکو نوه چنگیزخان واگذار شد.

آل کرت

پس از سقوط مغول‌ها در قرن هشتم هجری‌قمری (چهاردهم میلادی) آل کرت هرات که بازماندگان سلسله غوریان بودند فرصت یافتند در فاصله سالهای ??? هجری قمری (???? میلادی) تا ??? هجری قمری/???? میلادی مستقلاً بر سرزمین خویش حکومت کنند. اما حکومت مستقل ایشان به دست تیمور لنگ، از نوادگان دختری چنگیزخان که قبایل ترک تحت فرمان خود در مقرش در سمرقند به قصد جهانگشایی به حرکت در آورده بود سر نگون شد.

تیموریان

تیمورلنگ چندین بار این سو تا آنسوی هندوکش را زیر سم ستوران خود گذراند؛مشهورترین لشکرکشیهای وی در ??? هجری قمری (???? میلادی) انجام شد که طی آن هندوستان فتح و دهلی غارت گردید، و یکبار دیگر پس از چنگیز این نواحی دستخوش چپاول و ویرانی شد. با مرگ تیمور در سال ??? هجری قمری (???? میلادی)، پسر چهارمش شاه رخ، پس از یکسال جنگ و رقابتهای خانوادگی، حکومت هرات و نیز ماورءنهر را بدست گرفت. وی هرات را به عنوان پایتخت خود بر گزید، حصارهای آنرا مرمت و بازسازی کرد و در آن بناهای مجللی ساخت، و این شهر بصورت مرکز مهم سیاسی و بازرگانی منطقه در آمد.
در این سالها معماران، نقاشان، علما و محققان و موسیقی دانان مورد تکریم و تجلیل فراوان قرار گرفتند. بزرگترین هنرمند میناتوریست استاد کمال الدین بهزاد، در حدود سال ??? هجری قمری (???? میلادی) در هرات تولد یافت و در دربار سلطان حسین بایقرا، آخرین شاهزاده‌ای تیموری، زندگی کرد. بخش اعظم دوره صدساله حکومت تیموریان در افغانستان شاهد رونق و رفاه و پیشرفت این کشور بود. اما امپراتوری تیموریان نیز تدریجا به سوی زوال میرفت؛ و یکبار دیگر، با زوال اقتدار فرمانروایان خارجی، مردم و رهبران بومی این سرزمین امکان آنرا یافتند که تجدید قوا کنند و برای بذست گرفتن حکومت سرزمین خود سر برآورند.
یکی ازین رهبران، شخصی بنام بهلول لودی بود. لودی در سال ??? هجری قمری (????میلادی) تاج و تخت دهلی را نیز تصاحب کرد و سلسله لودی را که هفتاد و پنج سال دوام کرد تأسیس نمود. ظهیرالدین محمد بابر بزرگترین فرزند عمر شیخ شاهزاده تیموری بود که بر فرغانه حکم می‌راند. ولی پس از آن‌که بر جای پدر خود نشست، ترکان ازبک تمامی ملک و موطن وی را تصرف کردند، وی در سال ??? هجری قمری (???? میلادی)، شکست خورده و پریشان، به همراه چند صد نفر از وفادارانش سفری را به امید فتوحات احتمالی آغاز کرد که آخر مؤسس امپراتوری مغولان هند شد. ظهیرالدین مانند جدش تیمور لنگ ترک بود و به ترک بودنش مباهات میکرد و همچنان مدعی بود که نوه چنگیزخان است. او شهر کابل رابرای آب و هوای مطبوع و اهمیت بازرگانی و سوق جیشی آن به عنوان مرکز خویش برگزید. بعد از فتح هند دیگر هیچگاه به کابل بر نگشت، اما بنا به وصیت خود، جسدش را بعد از مرگ به این شهر آورده و در باغی که خودش بنام باغ بابر (این باغ تا هنوز به همین نام موجود است) دایر کرده بود منتقل و دفن نمودند.
پس از مرگ بابر ستاره اقبال امپراتوری تازه تأسیس یافته مغول برای مدت بیست سال در حضیض بود. یکی از بسته گان لودیها شخصی بنام فرید شیر شاه سوری تخت و تاج هند را از همایون فرزند و جانشین بابر تصاحب نمود، و سلسله‌ای را بنام سوریها را بنیان گذاشت. همایون مدت پانزده سال در تبیعد بسر برد و عاقبت به کمک ایران قندهار و کابل را دو باره بدست آورد. در سال ??? هجری قمری (???? میلادی، دهلی را نیز دوباره به کف آورد. اکبر شاه پسر همایون بعد از پدرش به تخت نشست و امپراتوری مغولان هند را دوباره تثبیت ساخت. اکبرشاه بسال ???? هجری قمری (???? میلادی، چشم از جهان فرو بست، و پسرش جهانگیر بر جایش نشست. در این دوره است که باز رهبران محلی اینجا و آنجا سر بلند کرده از هر طرف صدای استقلال خواهی بگوش می‌رسد. در دوره حکومت شاه جهان، شاعر جنگجوی مشهور پشتون بنام خوشحال خان ختک از کوههای سلیمان سر برآورد.
خوشحال در چندین مصاف با مغولان جنگید. شاه جهان حکومت پشاور را به خوشحال خان بخشید، اما اورنگزیب بعد از آنکه پدرش شاه جهان را خلع و خود بر مسند امپراتوری مغول تکیه زد تمام صلاحیتهای خوشحال را محدود نموده آخر او را به زندان افگند. حکومت طولانی اورنگزیب همراه با شورشهای مداوم قبایل پشتون مواجه بود؛ خوشحال خان در گروگان سپاهیان مغول بود و ایشان هم همواره تلاش میکردند تا شورش قبایل را سرکوب نمایند، او حتی در زندان نیز عمیقترین انزجار و تنفر خود را توسط اشعارش نسبت به مغولان تبارز میداد. خوشحال بعد از دوسال از زندان رها شد و بقیه عمر خود را در مبارزه علیه ایشان سپری نمود، او همیشه سعی می‌کرد تا اقوام پراگنده پشتون را علیه مغولان متحد سازد. با مرور زمان شالوده‌های امپراتوری مغولان هند بر اثر سوء تدبیرهای اورنگزیب سست گشت، و این امپرتوری در فاصله کوتاهی پس از مرگ اورنگزیب در سال ???? هجری قمری (???? میلادی) تجزیه شد و از هم پاشید.
در فروپاشی امپراتوری مغولان هند افغانها بی تأثیر نبودند. طی دویست (دوصد) سالی که مغولان حکومت هند را در دست داشتند، شهرهای مرزی افغانستان از سه سو مورد کمکش و محل منازعه بودند: مغولها از یک سو، ایرانیها از سمت غرب، و ترکان ازبک از سمت شمال. کابل، هرات و قندهار بارها میان این مدعیان متخاصم دست به دست شدند. در سال ???? هجری قمری (???? میلادی) پشتونهای غلزایی سلطه‌ای ایران بر قندهار را برانداختند ؛ در هرات نیز پشتونهای ابدالی همین کار را کردند. با گذشت چند سال این قبایل چنان قدرتمند گشتند که محمود افغان مشهور به شاه محمود هوتکی بر بخشهای وسیعی از ایران نیز برای مدتی حکم میراند. اما از آنجاییکه ایشان قلمرو خویش را بیش از حد توانشان بسط و توسعه داده بودند حکومتشان چندان نپاییذ و بزودی برچیده شد. نادرشاه افشار از اهالی خراسان بود که سلطه هوتکیان را بر ایران در هم شکست و سراسر ایران را تحت رهبری و اقتدار خود در آورد.
نادرشاه به بهانه تعقیب برخی از سران غلزایی که به کابل فرار کرده بودند به سال ???? هجری قمری (???? میلادی) کابل را تصرف و با سپاه گران مرکب از ایرانیها و قبایل افغان رهسپار هند گردید. نادر پس از رفتن خزانه‌های هند به پایتخت خود مشهد بازگشت. احمدخان سدوزایی، یکی از سران قبیله پشتونهای ابدالی از جمله امرای نادرشاه بود. وی چنان مورد اعتماد نادر بود که به فرماندهی نیروی ???? نفره‌ای محافظ او گماشته شد. در سال ???? هجری قمری (???? میلادی) نادر بدست سران سپاه ایرانی خود به قتل رسید احمدخان پس ازین حادثه خود را به قندهار رساند، و در آنجا خود را امیر یعنی رئیس همه‌ای قبایل خواند و حکومت افغانستان را بدست گرفت.